1、无污染、无公害
微生物肥是天然有机物质与生物技术的有效组合。它所包含的菌剂，具有加速有机物质分解作用，为作物制造或转化速效养分提供“动力”。同时菌剂兼具有提高化肥利用率和活化土壤中潜在养分的作用。
2、配方科学、养分充足
微生物肥料一般是以有机物质为主体，按照农作物的需肥规律和肥料特性进行科学配比，与生物“活化剂”完美组合，含有大量有机物质、腐殖酸类物质和保肥增效剂，养分充足，速缓相济，肥效持久。
3、活化土壤、增加肥效
微生物肥料具有协助释放土壤中潜在养分的功效。对土壤中氮的转化率达到5—13.6%；对土壤中磷、钾的转化率可达到7—15.7%和8—16.6%。能够分解出土壤中不易被作物吸收的养分供植物吸收。
4、提高产品品质、降低有害积累
由于微生物肥料中的活化剂和保肥增效剂的双重作用，可促进农作物中硝酸盐的转化，减少农产品硝酸盐的积累。与施用化学肥料相比，可使产品中硝酸盐含量降低20—30%，VC含量提高30—40%，可溶性糖可提高1—4度。产品口味好、保鲜时间长、耐储存。
5、有效提高耕地肥力、改善土壤供肥环境
微生物肥料中的活化菌所溢出的孢外多糖是土壤团粒结构的粘合剂，能够疏松土壤，增强土壤团粒结构，提高保水保肥能力，增加土壤有机质，活化土壤中的潜在养分。
6、抑制土传病害
微生物肥料能促进作物根际有益微生物的增殖，改善作物根际生态环境。增加有益微生物和抗病因子，还可明显地降低土传病害的侵染，降低重茬作物的病情指数，连年施用可大大缓解连作障碍。
实践证明，微生物肥料可以使土质变得疏松，从而保水保肥，增加土壤热容量，起到保墒、抗旱、抗寒作用。
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